然而为什么到了后期，卫所遍布，军队数量上百万，反而将领们进行对战反而需要依靠自己的家丁们作战？这主要是因为曾享誉一时的卫所制度衰落了，它是明朝的根本军事制度，它的衰落象征着明朝军队实力的衰落，将领们面临着无兵可用的局面。接下来我们来详细了解下卫所制下这种现象出现的始末。一、卫所制度存在很多隐患，随着时间推移，问题越来越明显。
作为由乞丐一步登天成为皇帝的朱元璋而言，他的忧患意识非常的浓烈，权力欲望也是非常大的——这我们从他分封自己的亲属宗族，废除丞相制度就可以看出。登上皇位的朱元璋一直担心后来者推翻自己的朝堂，为了能限制造反事件的发生，朱元璋提出了卫所制度。卫所制度是有明一代所独有，前期为明朝提供了大量的军队数量，并且还不需要国家进行投资。
士农结合是卫所制度的重要特点。然而军人之所以是军人，能够保家卫国，守卫边境，是因为他们能够专一的训练，只有军人这一个身份，一个职业。然而在卫所制度下，这些士卒既是军人，也是农民。那么他们的身份职责就不再纯粹。作为军人农民身份相结合的一种存在，他们不仅要同时履行这两种不同身份的职责，同样的还要承受着两种身份所带来的叠加的风险。
古代的农民百姓，安身立命的根本就是土地，然而中国历代王朝后期土地兼并问题都相当严重，明朝自然也不例外；军人本来是靠拿军饷来养活家庭，然而随着明朝官僚体系腐化，贪污腐败愈发严重。作为农民，他们种植粮食的土地被勋贵们巧借名目所侵占。作为军人，他们的粮饷军饷被上级剥削。于是面对着这两种身份所同时承受的风险，他们的付出与回报远远达不到正比。
没有土地的农民以及没有粮饷的军人合起来，最终只能选择逃离成为流民成为那些高门大户之中的家仆奴隶。其实，所有的制度随着时间的发展如果没有严格的监督都会逐渐变得腐朽不堪。而卫所制度就是随着弊端的不断增加，渐渐的走向了衰落，最终被家丁制度逐渐取代。不过治理值得注意的是，取代是有一个过程的——毕竟这些卫所士卒不仅有着军事方面的作用，还有一部分的行政权利，所以尽管卫所制度变得衰败，募兵制度兴起，但是并没能立马就替代卫所制度。
二、随着卫所制度走向衰落，府丁制度开始兴起。明代的奴隶制度非常的兴盛，这些依靠着土地兼并赚取大量财富的勋贵将领们开始征召大量的士卒作为自家的私人势力，而他们选择征召的士卒大部分都是这些被生活所迫的卫所士卒——这些为生活所迫的士卒无奈之下投身于军官勋贵家族之下成为他们的农奴家丁以及私人武装势力。而他们在成为这些将领的奴仆之后，充当起了看家护院，保镖，农奴等各种各样的职位。
总之，在明朝后期，大量的勋贵家族下的奴隶大部分都是军籍，这些人都来自于卫所。而与此同时，倭寇屡次侵略明朝边境，这些倭寇往往数十人流窜作案，开始是让周边的卫所士卒对其进行围剿。然而周边的卫所士卒们经常是食不果腹，连自身的生存都成为问题，更何谈战斗力？这些不经操练，饿着肚子的卫所士卒尽管人数众多，不仅多年不经战争，还个个骨瘦如柴，营养不良，对内欺压普通的平民百姓还行，在战场之上却不堪大用，又怎么会是这些凶狠的倭寇的对手？所以经常会出现一个现象——那就是十几个倭寇撵着上百个卫所士卒跑。
而面对经常被倭寇侵扰边境的苦恼，朝廷不得不想办法来招募战斗力强的士卒来守卫边境，于是将领勋贵家族中的私人武装开始走进了人们的视野。尽管他们原来是卫所士卒，可是在这些将领勋贵的改变下，已经成为了这些人的私人势力，成为了他们的家丁。而且他们虽然也是卫所士卒，但是他们的实力却与其它的卫所士卒大不相同。他们由自家的将领督促训练，补贴粮饷也由自家的将领们直接进行发放。
和那些被克扣粮饷，食不果腹，军备松弛的普通卫所士卒比起来，他们的战斗力不在同一个级别。而且由于古代勋贵对于这些奴隶具有生杀大权，所以在指挥作战方面，不仅得心应手，还更加的让人放心。总之，这些家丁就成为了将领们在战场上主要依靠的对象。总结所以说，明朝后期，尽管也还是卫所遍地，但是卫所士卒数量已经成为了明面上的空文，大量的士卒已经被勋贵家族们征召。
